Im März 1948 richtete das niedersächsische Justizministerium in den verbliebenen Baracken des ehemaligen Kriegsgefangenenlagers das „Strafgefängnis Lager Sandbostel“ für männliche Strafgefangene ein, die vor allem wegen Diebstahlsdelikten Haftstrafen zwischen zwei Monaten und zwei Jahren verbüßten. In sechs Lagerbaracken waren ca. 600 Strafgefangene untergebracht.

Zum Gefängnis gehörten ferner eine Krankenstation, Werkstätten, eine Küche sowie eine evangelische Kirche. Als Resozialisierungsmaßnahme sollten die Gefangenen im Zuge erster Reformbemühungen des Strafvollzugs einer regelmäßigen, allerdings gering entlohnten Arbeit nachgehen. Zusätzlich gab es die Möglichkeit, an Weiterbildungsangeboten teilzunehmen. Der streng disziplinierte Vollzug einer Haftanstalt blieb aber erhalten.
Die etwa 110 Angestellten des Gefängnisses waren überwiegend Flüchtlinge und Heimatvertriebene aus dem Osten Deutschlands. In Sandbostel erhielten sie Arbeit und Wohnraum. Die Ausbildung der Gefängnisaufseher erfolgte in der Hilfsvollzugsanstalt Westertimke.

1952 wurde das Gefängnis wegen sinkender Strafgefangenenzahlen in Niedersachsen aufgelöst. Ein Teil des Gefängnispersonals erhielt die Möglichkeit, in dem im Anschluss eingerichteten Notaufnahmelager für Flüchtlinge aus der DDR zu arbeiten.